《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税务政策的通知》（财税【2008】第081号）规定，对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。《增值税专用发票使用规定》（国税发【2006】第156号）第十条规定，销售免税货物不得开具专用发票。因此，你单位销售的免税农业产品不能开具专用发票。对所提问题，有两个解决途径：
第一，《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税务政策的通知》（财税【2008】第081号）规定，增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。因此，各超市可以凭合作社开具的普通发票计算抵扣进项税额。
第二，《增值税暂行条例实施细则》第三十六条规定，纳税人销售货物或者应税劳务适用免税规定的，可以放弃免税，依照条例的规定缴纳增值税。放弃免税后，36个月内不得再申请免税。因此，合作社也可以放弃免税，以取得专用发票的使用权。