在1999年之前，税务代理机构大多是税务机关兴办或托管在税务机关的，其中的业务骨干多是税务人员。这种情况虽然对税务代理在中国的发展起到了一定的推动作用，但对党风、政风也有较大的不利影响，特别是对税务机关和税务干部也有一定的侵蚀作用。
鉴于此，根据党中央、国务院的统一部署，国家税务总局于1999年8月至2000年底，以壮士断臂的气概对全国税务代理机构进行彻底的清理整顿、脱钩改制。根据当时的文件规定，对税务人员从事税务代理，可分别办理提前退休、离职、辞职等相关手续并享受国家相关的政策待遇。经此之后，全国税务代理机构统一成为由注册税务师个人出资、独立经营、办理涉税业务的社会中介机构㎡㎡税务师事务所。进入新世纪后，总局多次发文三令五申，严禁税务机关和税务师事务所对纳税人强制代理，严禁公职人员特别是在职税务干部从事税务代理，这里自然包括税务机关人员在税务代理直接（间接）入股。