根据国家税务总局《关于增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额问题的通知》（国税发〔2004〕148号）第三条规定，纳税人丢失了海关完税凭证，纳税人应当凭海关出具的相关证明，在海关完税凭证开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关完税凭证电子数据纳入稽核系统比对，稽核比对无误后，可予以抵扣进项税额。